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诺唯赞与真迈生物联合发布DNA甲基化文库测评数据
发布时间:2022-04-27]  阅读次数:1918次

来源:分析测试百科网

DNA甲基化是指DNA序列上特定的碱基在DNA甲基化转移酶的作用下,通过共价键结合的方式获得一个甲基基团的化学修饰过程,是DNA化学修饰的一种形式,能够在不改变DNA序列的前提下,改变遗传表现。DNA甲基化的修饰类型包括5-甲基胞嘧啶(5mC)、6-甲基腺嘌呤(6mA)等等,而5mC这种甲基化修饰方式广泛存在于植物、动物等真核生物基因组中,是目前研究最多的一种甲基化修饰形式。 

5mC是一个非常重要的表观遗传修饰事件,可以调节基因活性,并影响许多关键过程,如基因组印记、细胞分化、转录调控和染色质重塑。分析整个基因组的DNA甲基化对于理解甲基化在正常生物学和癌症等疾病中的影响至关重要。
诺唯赞重磅推出DNA甲基化建库试剂盒(EpiArt DNA Methylation Library Kit for Illumina V3),基于单链接头连接原理,兼容低至10 pg甲基化建库,助力DNA甲基化相关研究。

产品介绍

EpiArt DNA Methylation Library Kit for illumina V3是一款适用于高通量测序的甲基化文库构建试剂盒。该试剂盒基于高效单链连接技术,可兼容10 pg-250 ng经甲基化转化的DNA,且兼容短至40 bp的DNA样本。经过优化的建库流程,使得建库可在2 h内完成,手动操作时间小于30 min,适用于自动化建库,并兼容捕获流程。建库流程及原理如下图1所示:

图1.EpiArt DNA Methylation Library Kit for illumina V3建库原理

产品亮点

操作便捷:单个样本建库时长仅需2 h

兼容范围广:可兼容10 pg~250 ng甲基化转化后产物

数据质量佳:在不同样本类型及投入量条件下均表现出优异的测序数据质量

本次测试较为全面的评估甲基化文库在两个测序平台上测序质量、数据覆盖度、甲基化C碱基分布等方面的表现。测试结果显示,诺唯赞提供的甲基化文库在真迈生物高通量测序平台GenoLab M及illumina NovaSeq测序平台均表现优异,且一致性较好。

测试方案

诺唯赞生物基于EpiArt DNA Methylation Library Kit for Illumina V3(Vazyme#NE103)构建2个以293细胞为样本的甲基化文库(下文简称“293文库”),构建好的文库采用GenoLab M(真迈生物团队完成)、NovaSeq测序平台上机测序。

测试结果

1.测序数据质量表现优异、基因组覆盖度高、Duplication rate低



图2.数据质量基本指标

2.甲基化类型和水平分析


数据分析表明,GL与NV甲基化结果一致性高,如不同甲基化类型的比例(图3A)、全基因组CG位点甲基化水平分布(图3B)、各功能元件和各染色体CG位点的覆盖度(图3C~D)、各功能元件和各染色体CG位点的平均甲基化水平(图3E~F)。 

图3.甲基化类型和水平分布

对基于Vazyme#NE103构建出的DNA甲基化文库在GenoLab M及NovaSeq测序平台上测序获得的数据进行分析,两平台测序结果均表现优异,测序质量高、数据覆盖好,且两平台测序数据的甲基化类型和水平分布一致性高。

关于GenoLab M高通量测序平台:


图4.真迈生物GenoLab M高通量基因测序仪

真迈生物GenoLab M高通量基因测序平台采用基于芯片扩增的表面荧光测序技术SURF-seq对碱基的光学信号进行识别,具有准确率高,通量灵活的特点。GenoLab M拥有双芯片平台,可实现单/双芯片同步测序模式和滚动测序模式,全面满足客户在不同应用场景下的检测要求。

未来,真迈生物和诺唯赞生物将继续深化合作,双方将发挥各自在生物技术领域的优势,为临床及科研用户提供自主可控的测序平台与生物试剂,拓宽更多的测序应用场景,赋能产业链生态建设,促进产业共同繁荣发展。

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