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由于KBr其良好的红外光透过特性，FTIR干涉仪采用KBr作为分束器材料。但是其最大的缺点就是怕潮，很容易潮解。因此干涉仪的防潮是非常重要的一项措施。岛津公司在FTIR干涉仪防潮设计上是领先的。其在1984年就设计了世界上第一款密封干涉仪的FTIR-4000，在2002年和2008年又分别推出了配备自动除湿器的IRPrestige-21和IRAffinity-1，是世界独一无二的设计。

图4. 自动除湿器原理示意图

岛津公司FTIR的干涉仪除湿器设计是不一样的，如IRPrestige-21采用的帕尔贴的原理。当有电流通过热电材料时，其温度下降，干涉仪内部的水汽会凝结在冷却板上面，然后导流到吸湿材料上，并排除干涉仪内部。IRAffinity-1采用的是电极的设计。干涉仪内部的阳极将水分子分解：

除湿器的耗电量很低，只需要4.5VA，在待机电力下就可正常工作。大大减轻了干涉仪的干燥维护工作。

此外，其它的保护干涉仪分束器的技术得到了广泛应用，如在KBr上镀Ge，使用硅胶除湿，密封干涉仪，使用防水的KRS-5窗片等。