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多肽合成仪用于合成各种蛋白质与多肽，进行蛋白质结构、功能以及体外相互作用、免疫学等方面的研究。下面举例说明多肽合成仪的应用。

一、合成汉坦病毒核衣壳蛋白抗原多肽片段
利用多肽合成仪合成汉坦病毒核衣壳蛋白（aal7～66）50个氨基酸残基的核心序列，以此为抗原，建立了新型的特异性检测抗汉坦病毒IgG和IgM的酶联免疫方法。该方法特异性强，灵敏度高，简便易行，适合基层医疗单位进行诊断。

二、用于多肽类药物的研制
新的活性肽不断发现对揭开生命奥秘如细胞分化、免疫防御、肿瘤、衰老、生殖、分子进化等以及激素功能有了更深层次的认识。利用多肽合成仪可以快速获取活性最佳的多肽，加速多肽药物开发。

此外，多肽合成仪为组合化学方法的建立奠定了基础，可用于合成肽组合库的合成，为组合化学的发展做出了重大贡献。