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高效过滤器的应用范围主要是电子、半导体、精密机械、制药、医院、食品等行业中对洁净要求较高的医药、民用或工业洁净场所的末端过滤。由于高效过滤器一般作为过滤末端，因此，对高效过滤器的各项要求也zui为严格，当然则需要额外“关照”。
首先，我们要提醒客户，要延长高效过滤器的使用寿命，zui根本也是zui简单的办法是将灰尘挡在预过滤器外面。也就是说，保证高效过滤器接触到的气流是经过预过滤器、粗效过滤器、中效过滤器过滤之后的空气。这时的空气，应该达到99.95%的尘粒较小、污染较低的标准。
这里需要说明的是，更换预过滤器一般无须停产或停止其他正常的工作计划和安排。安装后无须调试即可保证空调新风设备的正常运行。所以有经验的客户会把注意力用在预过滤器上。对于10000级和100000级洁净厂房或手术室等高度洁净区域，预过滤可选用F8过滤（比色法95%）。这样，末端高效过滤器的使用寿命一般可达到5年。在国外项目中和国内新建项目中。F8过滤器是非均匀流洁净室zui常见的预过滤器。对于芯片厂100级、10级或更高级别的洁净厂房，预过滤器的常见效率级别为H10（MPPS85%），许多新建项目索性选用HEPA（对0.37m粒子的过滤效率≥99.97%）。在国内过去的洁净室空调系统设计中，过滤器的常见配置为：粗效→中效→高效。那时末端高效过滤器的使用寿命仅为1-3年，zui差的也就几个月。可见，预过滤效率高低决定末端过滤器使用寿命。
有些场合，对高效过滤器使用的规定不是出于对阻力的考虑，而是其它因素，若厂房中有氢氟酸，而车间空调又不是全新风系统，高效过滤器的玻璃纤维滤纸就会受到回风的腐蚀。为了安全，必须定期更换高效过滤器。目前，国内部分三级甲等医院和制药厂，每年雨季过后都会主动更换高效过滤器，主要目的就是防止过滤器上有任何可能的霉菌污染。有些国家三级甲等医院、制药厂的生物实验室和与危险品打交道的实验室，在开展一项新的生要课题前，为了保证安全可靠，都会使用新的高效过滤器。