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虽然高速逆流色谱有很多优势特点，而且是其它方法不能替代的。但不可避免的，在某些方面还是会存在一些缺陷。

高速逆流色谱的应用可能会受到如下因素的制约。

一，在溶剂体系的选择上还没有非常系统、成熟的理论来指导，虽然已经有学者建立了几种经验性的溶剂系统筛选方法，但这些方法均为经验性的规律总结，如何选择一种具有良好分离效果的溶剂体系还依赖于操作者的经验，通常都需要多次实验才能筛选出较佳的溶剂系统。

二，尽管目前的高速逆流色谱已经能实现上百毫克甚至数十克级的制备分离，但是还未达到数百克级甚至公斤级的制备能力。

三，高速逆流色谱在中试规模和产业化当中的应用还需要对逆流色谱的分离机理从理论上做更深入的探讨，还需要解决现有仪器设备在放大过程中的一些关键性技术问题。目前，已有科技人员着手这方面的研究，相信在不久的将来高速逆流色谱将发展成为一种更加成熟的可产业化的高效分离技术。