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一、光源不同：金相显微镜采用可见光作为光源，扫描电镜采用电子束作为光源成像。

二、原理不同：金相显微镜利用几何光学成像原理进行成像，扫描电镜利用高能量电子束轰击样品表面，激发出样品表面的各种物理信号，再利用不同的信号探测器接受物理信号转换成图像信息。

三、分辨率：金相显微镜因为光的干涉与衍射作用，分辨率只能局限于0.2-0.5um之间。扫描电镜因为采用电子束作为光源，其分辨率可达到1-3nm之间，因此金相显微镜的组织观察属于微米级分析，扫描电镜的组织观测属于纳米级分析。

四、景深：一般金相显微镜的景深在2-3um之间，因此对样品的表面光滑程度具有极高的要求，所以制样过程相对比较复杂。扫描电镜的景深则可高达几个。