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光学显微镜有多种分类方法：按使用目镜的数目可分为双目和单目显微镜；按图像是否有立体感可分为立体视觉和非立体视觉显微镜；按观察对像可分为生物和金相显微镜等；按光学原理可分为偏光、相衬和微差干涉对比显微镜等；按光源类型可分为普通光、荧光、紫外光、红外光和激光显微镜等；按接收器类型可分为目视、数码（摄像）显微镜等。所以在选购显微镜前，一定要确定哪种显微镜适合自己。常用的光学显微镜有生物显微镜、体视显微镜、金相显微镜、偏光显微镜、荧光显微镜、相衬显微镜、倒置显微镜等。

• 生物显微镜

生物显微镜放大倍数一般在40X-2000X之间,光源为透射光。生物显微镜供医疗卫生单位、高等院校、研究所用于微生物、细胞、细菌、组织培养、悬浮体、沉淀物等的观察，同时可以观察其他透明或者半透明物体以及粉末、细小颗粒等物体。可连续观察细胞、细菌等在培养液中繁殖分裂的过程等。在细胞学、寄生虫学、肿瘤学、免疫学、遗传工程学、工业微生物学、植物学等领域中应用广泛，是食品厂、饮用水厂办QS、HACCP认证的必备检验设备。

• 体视显微镜

体视显微镜又称"实体显微镜"或"解剖镜"，是一种具有正像立体感的目视仪器。体视显微镜放大倍数在7X-45X左右,也可以放大到90X,180X,225X。在生物、医学领域广泛用于切片操作和显微外科手术；在工业中用于微小零件和集成电路的观测、装配、检查等工作。它利用双通道光路，双目镜筒中的左右两光束不是平行，而是具有一定的夹角--体视角（一般为12度--15度），为左右两眼提供一个具有立体感的图像。它实质上是两个单镜筒显微镜并列放置，两个镜筒的光轴构成相当于人们用双目观察一个物体时所形成的视角，以此形成三维空间的立体视觉图像。
目前体视显微镜的光学结构是由一个共用的初级物镜，对物体成象后的两光束被两组中间物镜----变焦镜分开，并成一体视角再经各自的目镜成象，它的倍率变化是由改变中间镜组之间的距离而获得的，因此又称为"连续变倍体视显微镜"。随着应用的要求，目前体视显微镜可选配丰富的选购附件，如荧光，照相，摄象，冷光源等等。