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在荧光显微镜中的不同的技术

荧光显微镜被广泛使用，并提供了巨大的特异性。的各种技术使人们有可能以解决不同的问题，甚至规避，阿贝描述的衍射极限。

可确定的分子物种的本地化与助染色的细胞器，如细胞骨架或膜。共聚焦激光扫描显微镜（CLSM），使得它可以观察到在该样本中没有信号从外部的焦平面的区域，并允许光学切片。全内反射显微镜（TIRF）是一种技术，它允许接近到细胞表面的薄区域的观察。在这方面的一个渐逝场激发的荧光染料。

观察一个分子物种的动态变化的一种技术是荧光漂白后恢复（FRAP）。在一个受限制的区域的荧光染料的光漂白和未漂白的分子的扩散，进入此区域可以测量。荧光能量转移（FRET）的显微镜，可以进行交互研究。一个兴奋的捐助生色团的能量转移到受体荧光激发它。如果两者都汇集了非常密切的，这是唯一可能。如果这些染料被耦合到不同的蛋白质，它们只能够传递能量，发出荧光的蛋白质，如果彼此交互。

技术，使受激发射损耗（STED）显微镜，地面状态消耗（GSD）显微镜，单分子和基态耗尽显微镜由单个分子的回报（GSDIM），光敏定位显微镜（PALM）和随机子高分辨率图像光学重建显微镜（STORM）。子显微镜用于这些技术也被称为作为nanoscopes，因为他们解决在纳米尺度的图像。