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目前，CLE主要有2种系统，一种是Pentax显微内镜系统的整合式CLE（endoscope-integrated CLE，eCLE），另一种是Cellvizio显微内镜系统基于探针的探头式CLE（probe-based CLE，pCLE），后者独立的微探头可通过大多数内镜的附件通道。EUS引导下的针式CLE（needle-based CLE，nCLE）的基本原理与pCLE相似，是将亚毫米级的共聚焦微探头预先置入19G穿刺针，可对消化、呼吸系统器官内部及管腔外邻近的组织器官进行显微成像。