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共聚焦激光扫描显微镜使用一个共焦针孔阻隔焦距外的光线并以光栅模式扫描，以实现“光学切片”的功能。CLE入射至组织表面的低功率激光束波长为488nm或660nm，eCLE扫描速率为1.6帧/s（1024×512像素）或0.8帧/s（1024×1024像素），扫描深度的动态可调范围在0～250μm，pCLE可换用不同探头以扫描不同深度，每次扫描的光学切片厚度为7μm；eCLE的分辨率为0.7μm，pCLE的分辨率较低，为1～3.5μm；eCLE的视野范围为475×475μm，而pCLE的视野范围在240～600μm。与屈曲性较差的eCLE相比，pCLE的临床应用更加广泛，其优势在于灵活性，可与多种型号内镜适配，且扫描速率快（12帧/s），可连续快速捕捉动态图像。基于细针穿刺（fine-needle aspiration，FNA）的nCLE可对器官囊性或实质性病变、黏膜下病变及淋巴结进行检查，将CLE的应用领域扩展至管腔外的组织器官。