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共焦显微镜技术已被用于整个胃肠道的多种用途,通常是为了区分肿瘤和非肿瘤组织，但也有要诊断和确定炎症的状况。有些应用在诊断和临床应用方面相对较好;有些应用有支持性的数据但几乎不用于临床,也有些应用还处于研究之中并且未能满足临床的需求。也许最好的内窥镜共焦技术已经出现在巴雷特的食道监测中。一个随机对照试验显示，与那些用标准白光内窥镜来进行组织随机活检的患者相比，用高清白光内窥镜与CLE来进行组织活检的诊断率更高。在本研究中没有对窄带成像（NBI）技术进行比较。因为CLE只需要更少的活检来诊断，所以可以对肿瘤检测进行比较。就像许多使用这种先进技术的研究一样，这项研究由内窥镜专家进行并限制了其结果的归纳性。另外,对大面积粘膜的监测受到限制，因为每次只能看到微小的区域，这样筛查一个长段就会很笨拙，并且仍然需要操作者选择区域来进行评估。虽然这可能比使用高分辨率的白光和NBI的目标活检更费时，但PCLE已被用于评估胆道狭窄和疑似胆管癌。因为胆管癌在其他方面很难诊断，而PCLE是一个有效且成熟的技术。CLE与PCLE已经被用于区分肿瘤和结肠中的非肿瘤息肉。一些研究显示其敏感性和特异性大于90%，这表明诊断和丢弃的策略是合理的。然而，一项研究表明，只有适度的观察者间的观察，才能区分肿瘤和非肿瘤病灶。这项技术被用于检测炎症性肠病患者的扁平发育不良和疾病活动以及诊断显微镜结肠炎和乳糜泻。在临床应用中，使用共焦技术的这些用途通常较少的应用。据报道，CLE在诊断胃肿瘤和早期胃癌方面取得了一定的成功，但是由于内窥镜的灵活性有限，所以在切痕方向上的病变可能很难检查。最近，它被用于检测肠易激综合症患者和食物不耐受的患者的粘膜反应。PCLE正在被用来评估胰腺囊肿，并正在评估一个穿刺活检针可能通过的探针。这些新技术的应用可能会获得更广泛的认可，因为它们填补了未满足的临床需求。不过在现在的情况下，内窥镜共焦技术尚未得到广泛应用。成本、报销和额外的时间都是有限的。如上所述，PCLE和内窥镜共焦的视野也是有限的。