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多功能酶标仪基本原理和光电比色计基本相同，光源灯发出的光波经过滤光片或单色器变成一束单色光，进入塑料微孔极中的待测标本，该单色光一部分被标本吸收，另一部分则透过标本照射到光电检测器上，光电检测器将这一待测标本不同而强弱不同的光信号转换成相应的电信号.电信号经前置放大，对数放大，模数转换等信号处理后送入微处理器进行数据处理和计算，最后由显示器和打印机显示结果. 微处理机还通过控制电路控制机械驱动机构X方向和Y方向的运动来移动微孔板，从而实现自动进样检测过程。 多功能酶标仪是一种精密的光学仪器，因此良好的工作环境不仅能确保其准确性和稳定性，还能够延长其使用寿命，多功能酶标仪使用，仪器应放置在无磁场和干扰电压的位置，应放置在低于40分贝的环境下。为延缓光学部件的老化，应避免阳光直射。操作时环境温度应在15－40之间，环境湿度在15%－85%之间，操作电压应保持稳定，操作环境空气清洁，避免水汽，烟尘，保持干燥、干净、水平的工作台面，以及足够的操作空间。 

多功能酶标仪的光学系统采用的是垂直光路多通道(通常为8或12通道，亦有单通道)检测，一般为硅光管或光导纤维，除测定通道外，有的酶标仪还有一个参比通道，每次测定可进行自我校准。多功能酶标仪的光学系统功能如何，均可通过酶标仪测定的吸光度范围、线性度、精密度和准确度等体现出来。光学系统好的话，则上述指标也应较佳。测定的精密度与测定通道之间的均一性有直接关系，单通道可避免因通道不同所致的差异。 

一般来说，多功能酶标仪的功能价值及其经济性是制约和衡量酶标仪设计的综合性能指标之一，要达到合理的性价比，就要进行功能价值分析，保证功能合理，例如，多功能酶标仪零件和零件之间、内构件与外装件之间寿命周期应大致相等（可更换的易损件除外），以使价值系数达到最大。同时，对于基本功能和辅助功能也要综合权衡，若从产品的经济性与时尚性的关系上将，则多功能酶标仪的物质老化与精神老化、有形损耗和无形损耗等一系列问题，多功能酶标仪的精神老化和无形损耗同样会在新产品价值和寿命上起着相当重要的作用。所以，多功能酶标仪性价比还应当考虑物质老化和精神老化的相适应，有形损耗和无形损耗相同步，实用、经济、美观相结合等问题。