来源：分析测试百科网
分析软件是全自动菌落计数仪的另一块核心成分。因为菌落生物的存在多样性，在培养基上的表现或显像不可能大体一致，针对这类变化，在分析软件选型上要考虑，现在市场上一些产品的软件功能主要有一下几个方面：
| 图像处理 | 图像调节(灰度图、负相图转换、对比度、RGB分割...)、图像增强... |
| 图像编辑 | 文字嵌入、图形嵌入 |
统计功能 | 菌落智能识别技术（很重要）、区域选择统计、直径分类统计、鼠标单击计数、颜色识别统计、人工计数修正、排除污染区域计数、自动换算功能、自动杂质剔除、粘连菌落分割、菌落形态学分析、多通道分割... |
| 筛选功能 | 多色自动聚类、单色分类统计、指定多色筛选；污染菌（杂质）剔除、透明圈分析、双圈特征分析 |
| 测量功能 | 自动分析菌落直径、面积等 精确测量长度、角度、面积等 |
数据管理 | 数据自动存储、查询、Excel导出 报表打印、数据库权限设置 |
| 高级功能 | 抑菌圈测量、纸片法药敏分析、多培养皿统计、螺旋平皿统计、背景文字去除 |
现在科研、质检部门对于菌落仪的要求也越来越高，上述软件功能应该能够满足现在客户的需要，但是对与一些特殊实验应用面来说，在功能上还有待加强。除软件功能，另外一点也不得不提，那就是操作。现在越来越讲究人机结合的舒适性，讲究产品功能的强大和操作的简单化成反比。对用用户来说才算是真正解放。
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