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传统的菌落计数器使用时，是将计数笔连接到主机上，打开电源开关，将培养皿放在白光板上，打开白光灯，用计数笔触动计数，LED显示屏显示所计数量；计数完成可用计数笔在稿纸上暂记总数，重新开关电源，LED显示屏自动归零，二次计数与稿纸上一次总数比较，数量相同可得较准确的结果。同时，按照细菌计数检验规程规定，一只培养皿中细菌生长数超过300个时，应将检验样品稀释重作，以保证计数的准确性，所以，一般的菌落计数器仪器显示计为三位数。