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它的结构主要包括带针尖的微悬臂、微悬臂运动检测装置、监控其运动的反馈回路、使样品进行扫描的压电陶瓷扫描器件等，而扫描器件是原子力显微镜中位置控制的最重要的部分，需要提供纳米级精度且高性能的扫描器，芯明天公司提供悬臂式压电陶瓷管扫描器、压电物镜定位器、二维XY或三维XYZ的压电纳米定位台，如下图所示，它们具有纳米级（10^-9m）定位精度，且自带闭环反馈系统，完全满足原子力显微镜的要求。

原子力显微镜的结构还包括计算机控制的图像采集、显示及处理系统。