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针对不同厂商设备数据格式相互不兼容以及设备配套处理软件功能受限的问题，一个比较可行的解决方案是采用通用的图像处理软件。在此，推荐一款优秀的扫描类显微镜图像处理软件——Gwyddion。Gwyddion是一款开源免费的通用扫描类显微镜图像处理软件，体量小巧、小小界面整合十分全面的处理工具，基本能满足AFM数据后期处理的几乎所有基本需求。

另外，Gwyddion具备数据格式自动检测功能，支持多种主流扫描类显微镜设备数据格式，如图二为Gwyddion主界面及其数据打开对话框。