来源：分析测试百科网

一般的PCR反应由20到35个循环组成，每个循环包括以下3个步骤：

利用高温(93-98℃)使双链DNA分离(熔解)。高温将连接两条DNA链的氢键打断。在第一个循环之前，通常加热长一些时间以确保模板和引物完全分离，仅以单链形式存在。该步骤时间1-2分钟。

在DNA双链分离后，降低温度使得引物可以结合于单链DNA上(降温或称接合)。此阶段的温度通常低于引子熔点5℃。错误的黏合温度可能

导致引物不与模板结合或者错误地结合。该步骤时间1-2分钟。新技术的融合型核酸聚合酶在此阶段的温度会高于熔点3~5℃，仅需时间5~10秒。

最后，DNA聚合酶由降温时结合上的引子开始沿着DNA链合成互补链(延长)。此阶段的温度依赖于DNA聚合酶。该步骤时间依赖于聚合酶以及需要合成的DNA片断长度。传统的Taq估计合成1000bp大概需要1分钟、较新的Tbr(来自于嗜热菌Thermus brockianus)约40秒、融合型聚合酶仅约15秒。