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乳腺癌全转录组关联分析发现新的风险基因
发布时间:2018-06-20]  阅读次数:450次

来源:分析测试百科网

   美国范德堡大学和澳大利亚昆士兰医学研究所(QIMR Berghofer)领导的研究团队利用全转录组关联分析方法,找到与乳腺癌存在明显关联的48个基因。这项成果于6月18日发表在《Nature Genetics》上。

  研究人员利用近12.3万名乳腺癌患者和近10.6万名对照的遗传预测基因表达谱,来搜索与乳腺癌相关的位点和基因。乳腺癌这种疾病虽经过十几年的全基因组关联研究,但仍有大量的遗传可能性无法解释。

  根据基因型组织表达(GTEx)项目和癌症基因组图谱(TCGA)的现有基因表达数据,研究小组查看了病例和对照中数千个基因的表达谱,揭示34个之前发现的乳腺癌风险基因和14个新的候选基因。

  “我们的研究发现多个有待进一步功能鉴定的候选基因,”通讯作者之一、QIMR Berghofer 的癌症研究人员Georgia Chenevix-Trench说。

  去年曾经有一项乳腺癌的全转录组关联分析(TWAS)结果在《PLOS Genetics》杂志上发表。它通过数万名病例和对照的关联分析,发现了5个与乳腺癌存在关联的基因。这一次,研究人员开展了更大规模的TWAS研究,包含122,977名欧洲裔乳腺癌病例和105,974名对照。

  研究小组利用67名GTEx参与者的转录组和基因型图谱以及TCGA评估的肿瘤和正常样本的表达信息,根据基因型来预测个体的基因表达。他们搜索了8,597个与乳腺癌存在潜在关联的基因,发现48个基因的预测表达谱与乳腺癌风险相一致,其中14个基因是之前未曾关注的。

  接着,他们又开展了数量性状位点分析、GWAS目标预测分析、基因通路研究和体外功能分析,以便更好地了解在乳腺癌发展过程中可能“误入歧途”的一些生物学过程。通路分析突出了凋亡和免疫系统相关通路的重要性,例如,对乳腺细胞中候选基因的系统性敲低导致细胞增殖和克隆形成下降,而对照基因的敲低未检测到这一结果。

  “我们开展的沉默实验表明,许多鉴定出的基因可能是乳腺癌的风险因素,它们影响细胞增殖和克隆形成能力,这是癌症的两大标志,”研究人员总结道,并指出“这些基因的进一步鉴定将为乳腺癌的生物学和遗传学提供更多见解。”


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