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芯片毛细管电泳技术将常规的毛细管电泳操作在芯片上进行，利用玻璃、石英或各种聚合物材料加工微米级通道，以高压直流电场为驱动力，对样品进行进样、分离及检测。它与常规毛细管电泳的分离原理相同，因此在分离生物大分子样品方面具有优势。此外，与常规毛细管电泳系统相比，芯片毛细管电泳系统还具备分离时间短、分离效率高、系统体积小且易实现不同操作单元的集成等优点。芯片毛细管电泳的上述优点使其成为蛋白质分离分析中的重要手段之一。Rodriguez等曾分别在常规毛细管、短毛细管和玻璃芯片上，以区带电泳的分离模式，对人免疫球蛋白G(IgG)和荧光素异硫氰酸酯(FITC)的反应混合物进行分离，以比较3种系统的分离性能。使用有效分离长度为35 am的长毛细管和有效分离长度为6 am的短毛细管时，其分离时间分别为335 S和84 S，理论塔板数分别为27 750和41 816。当使用有效分离长度仅为2．8 cm的玻璃芯片时，分离时间缩短至15 S，理论塔板数达到49 000。由此可以看出采用玻璃芯片进行毛细管区带电泳在分离速度和柱效上明显优于常规毛细管电泳系统。