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毛细管区带电泳是芯片毛细管电泳分离蛋白质的一种最基本的分离模式。它基于不同的蛋白质分子在电场中的迁移速率不同而实现分离，是一种简单、快速的分离方法。采用区带电泳分离模式已成功地分离了多种蛋白质样品。

Colyer等采用毛细管电泳芯片，以区带电泳模式对人血清蛋白样品进行了分离，可分辨出4个蛋白质区带(即IgG、转铁蛋白、a-1-抗胰蛋白酶和白蛋白区带，分别用以模拟血清蛋白样品中的7、p、dl和白蛋白区带)。其中蛋白质的荧光标记在分离之后进行，由于荧光染料TNS(2-toluidinonaphtha．1-ene-5-sulfonate)标记血清蛋白的灵敏度较低，所以没能实现实际人血清蛋白样品的5个区带分离。Xiao等采用区带电泳模式，以50 mmoVL磷酸盐缓冲液(pH 2．15)作为工作缓冲液，在通道宽度为30um的聚二甲基硅氧烷(PDMS)芯片中，于35s内实现了细胞色素C和溶菌酶的快速分离。Dodge等设计了集成8个微阀和1个微泵的PDMS芯片，通过微阀微泵实现了对液流的有效控制。他们首先采用区带电泳的分离模式分离牛血清白蛋白和肌红蛋白，然后通过阀的作用将分离后的蛋白质组分分别引入微混合器中酶解，最后对产物进行质谱分析。该工作显示芯片技术可用于质谱分析前复杂蛋白样品的预处理。庄等在石英芯片上以75 mmol/L硼酸盐缓冲液(pH 10．3)作为芯片电泳缓冲体系，分离了免疫球蛋白、O/一1一抗胰蛋白酶、牛血清白蛋白和铁传递蛋白，并对经临床确诊的妊娠高血压症、风湿性心脏病、多发性骨髓瘤患者的尿液样品进行电泳分析，在2 min内得到了与美国Helena电泳系统一致的分析结果。

在芯片毛细管电泳分离蛋白质的研究中所要解决的一个重要问题就是通道表面对大分子蛋白质的吸附问题。蛋白质与芯片通道内壁之问的微小吸附效应就会降低蛋白质的分离效率，引起峰形变宽拖尾，影响分离的重现性。在毛细管区带电泳分离模式下，一般采用通道内壁永久改性和缓冲液中加入添加剂进行动态修饰两种方法来抑制蛋白质的吸附。

Wu等采用多层88%水解聚丙烯醇(PVA)修饰PDMS芯片，以区带电泳模式有效分离了两种碱性蛋白质(溶菌酶和核糖核酸酶)以及两种典型的酸性蛋白质(牛血清白蛋白和口．乳球蛋白)。该涂层在pH 3～11范围内均可抑制电渗流的产生和蛋白的吸附作用，并且效果稳定，连续运行70次后分离效果仍然很好。该研究组随后又采用自组装方法在PDMS芯片通道表面加工环氧修饰的聚合物涂层抑制蛋白质的吸附，成功地分离了溶菌酶和核糖核酸酶A。Chiem等在运行缓冲液中加入了无机电解质NaCl和中性表面活性剂吐温20来抑制蛋白质的吸附，利用芯片毛细管区带电泳进行了单克隆抗体的分离分析。 ‘