来源：分析测试百科网

　　扫描电镜，是观察样品表面的结构特征；

　　透射电镜，是观察样品的内部精细结构。

　　扫描电镜主要观察表面形貌（二次电子像），还可以得到反映成份信息的背散射电子像。扫描电镜还可以接一些附件，如EDS进行元素成份分析；EBDS进行晶体结构分析等等。

　　透射电子显微镜分辨率比扫描电镜高（如扫描电镜最高1nm，透射电镜0.2nm甚至更高），主要可以进行内部形貌观察，晶体结构分析，特别是微区（微米、纳米）的像观察和结构分析，可以得到原子尺度的像。如配备一定附件，如EDS进行微区元素成份分析，STEM可以得到更容易解释的像，EELS可以进行化学状态分析等等 。

　　通俗的说

　　扫描电镜是相当与对物体的照相，得到的是表面的"只是表面的立体三维的图象"，因为扫描的原理是“感知”那些物提被电子束攻击后发出的此级电子；

　　而透射电镜就相当于普通显微镜，只是用波长更短的电子束替代了会发生衍射的可见光，从而实现了显微，是二维的图象，会看到表面的图象的同时也看到内层物质，就像我们拍的X光片似的，内脏骨骼什么的都重叠着显现出来。

　　总的来说就是透射能看见内部，扫描是不能看见内部，只局限与表面。

　　另外，从样品制备和观察操作来讲，SEM较易。但TEM比SEM可以看到更为精细的结构！