作为负责评价青藏铁路对高原野生生物影响的动物学家，自2003年起，杨奇森就带领着他的研究组在“青藏铁路的生态效应”项目、国际著名动物学家George B. Schaller、野生动物保护组织WCS的帮助下，对青藏铁路野生动物的情况进行了连续的实地监测。他们发现，尽管在青藏铁路建设阶段，藏羚羊的行为受到了一些扰动，但它们很快通过调整迁徙路线而适应了铁路工程导致的局部环境变化。青藏铁路修建了很多高架桥，在昆仑山—开心岭约259公里的藏羚羊主要迁移区段，长度超过100米的大中桥就有143座，桥梁累计总长度达46公里，此外还有一些可供利用的小桥。以2006年为例，他们共观测到2952只藏羚羊的回迁，其中98.17%从野生动物通道中穿过，说明藏羚羊迁徙已基本适应了青藏铁路野生动物通道。