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利用CRISPR来对付HIV:激活它还是去除它?
发布时间:2016-05-19]  阅读次数:519次

来源:分析测试百科网

  全球感染慢病毒HIV-1的人数已经超过了2500万。如今,人们可利用抗病毒疗法来控制HIV-1,使得病毒在血液中检测不到。不过,病毒没有完全消失;它只是隐藏在潜伏感染的细胞中。为了真正治愈HIV-1,研究人员需要打败这些隐藏的病毒库,而CRISPR有望完成这一艰难的工作。

  美国天普大学Kamel Khalili的实验室证明,利用CRISPR来对付HIV有两种可能的策略:利用dCas9-SAM来激活HIV-1的转录并摧毁被感染的细胞;利用野生型的Cas9从被感染的细胞中去除HIV-1基因组。Mary Gearing在Addgene的博客上介绍了如何在体外利用CRISPR来对付HIV-1,以及临床上必须克服哪些障碍。

  抗逆转录病毒疗法

  HIV-1感染免疫系统中的细胞,特别是CD4+ T细胞,最终导致个体患上获得性免疫缺陷综合征(AIDS)。抗逆转录病毒疗法(ART)几乎可以消除血浆HIV-1,提高HIV-1患者的预期寿命和生活质量。不过,ART并不能治愈HIV-1。在停止治疗后,患者的病毒水平会迅速恢复到治疗前的水平,因为潜伏感染的细胞中存在病毒库。

  同时,虽然患者检测不到血浆HIV-1,但其他慢性病的风险增加,包括痴呆、肠紊乱、神经损伤以及心脏病。为什么机体不能激发免疫反应来摧毁这些病毒库?实际上,免疫系统根本没有到威胁。潜伏感染的细胞很少产生病毒蛋白,因而逃过了免疫检测。为了解决这个问题,人们提出了两种策略。

  激活并杀死

  为了激活并杀死HIV感染的细胞,研究人员之前使用组蛋白去乙酰化酶(HDAC)抑制剂来增加HIV-1基因组的转录。在靶向方法中,Zhang等人利用了CRISPR/Cas9协同激活介质(SAM)系统。这个系统利用dCas9-VP64来激活转录,并借助两个激活结构域(MS2和p65)来增强转录激活。

  Zhang等人设计了多个gRNA来靶定HIV-1基因组的5’-LTR,并发现SAM靶定在NF-KB结合位点附近的增强子区域,能增强HIV启动子-荧光素酶重组子的激活。在多个HIV-1潜伏T细胞系中,用CRISPR/Cas9 SAM治疗能增加HIV-1激活的比例。在能够产生HIV-1毒性蛋白的细胞系中,CRISPR/Cas9 SAM导致细胞凋亡,说明了真正的“激活并杀死”反应。

  将HIV-1赶出去

  之前有人利用锌指核酸酶(ZFN)来切割HIV-1基因组,不过研究人员认为CRISPR/Cas9可以提高效率,并降低脱靶效应的可能性。在这种疗法中,CRISPR/Cas9需要切割每个感染细胞的HIV-1基因组,并预防那些细胞的再次感染。Kaminski等人设计了靶定HIV-1 5’和3’-LTR的gRNA,并与Cas9一起表达。PCR扩增和Sanger测序表明,大部分的HIV-1基因组都已被切割,只有小部分的LTR连在一起。重要的是,未检测到脱靶效应。研究人员观察到,Cas9/gRNA的表达对细胞活力、细胞周期进程或凋亡没有负面影响。

  Kaminski等人接着在HIV-1感染的T细胞中检测了他们的方案。他们从健康个体中分离CD4+ T细胞、扩增,并用HIV-1感染。对于两种HIV-1病毒株,Cas9/gRNA慢病毒表达明显降低了HIV-1拷贝数,不过病毒株之间的效率差异达48-100%。此外,对于从两名HIV-1感染患者中分离出的CD4+ T细胞,CRISPR也让HIV-1拷贝数降低50%以上。尽管这是个激动人心的结果,但需要注意的是,这些患者是是ART-naive的,因此这个实验模拟了HIV-1活性感染期,而不是大多数患者的ART诱导的病毒控制。

  CRISPR HIV-1治疗的障碍

  这两种方法都代表了HIV-1临床前研究取得了令人振奋的进展,但很难说哪一种方法会成功。“激活并杀死”的优势在于杀死被HIV-1感染的细胞,且不需要功能Cas9核酸酶,因此无异常DNA切割的可能性。直接的HIV-1切割允许T细胞存活,但为了防止再感染,需要持续表达Cas9/gRNA,这可能会造成较高的脱靶效应。

  在这两种情况下,将体外工作转移到动物模型有两个主要障碍。第一是如何将CRISPR导入所有靶细胞。考虑到病毒库覆盖多个器官系统,这个目标很难实现。在感染的早期,当HIV-1限于一部分T细胞时,这两种方法都更为成功,但不清楚是否有足够的T细胞来销毁一个病毒库。

  第二个挑战是序列特异性。抗病毒疗法在蛋白结构水平上靶定HIV-1,但CRISPR gRNA需要DNA序列的特异结合。患者的HIV-1基因组需要经过测序,才能确定最佳的gRNA,且每个gRNA需要经过验证,以确保高的on-target结合和低的off-target结合。HIV-1也可能对CRISPR疗法形成耐药性。多个gRNA有望解决这个问题。

  就目前而言,尽管将这些研究成果转化成疗法还存在一定的困难,但这些文章呈现出了激动人心的证据,说明治愈HIV-1也许是我们力所能及的。未来,随着CRISPR体内导入取得进展,这有望为许多常见病的治疗带来可能。


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