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外显子测序揭示复发突变的预后
发布时间:2015-08-24]  阅读次数:640次

来源:分析测试百科网

  研究人员对肿瘤做了外显子测序,并且将其与超过450名骨髓瘤患者获得的正常样品进行了匹配,这450名患者都是通过国家癌症研究所的骨髓瘤XI实验招募的,这是一个使用依靠临床结果、分子细胞遗传学和数据等等进行的精密或者不精密骨髓瘤治疗项目的临床3期实验。

  在所有骨髓瘤样本中出现的基因突变频率,他们发现几个突变与好或者不好的预后具有不寻常的联系。加上临床阶段的数据,在这些基因中的突变模式表明,其可能出现在超过90%的具有转移性癌症的患者中,这会使患者更早的死亡。

  “我们希望我们的研究能够铺平基因检测的道路,这些检测能够挑选出预后不良的少数骨髓瘤患者,并让其在最精密的可能治疗中获益,”在伦敦的癌症研究所的血液学和分子病理学研究所的资深作者Gareth Morgan在一份申明中这样表示。

  研究人员补充到,在过去,如国际分期系统(ISS)等方法已经用于区分对疗效明显的骨髓瘤患者和少数具有血液和骨髓癌症但是具有较低无进展期或者生存期的患者。

  他们补充道,涉及到特定拷贝数变化或者染色体易位的分子亚型可以通过ISS使预测获得某些扩展,而在骨髓瘤中一个清晰的突变预测是有助于寻找更多的预后指标的。

  有鉴于此,该团队使用Illumina公司的碱基末端测序来检测肿瘤的外显子,并且和463个具有骨髓瘤的个体的正常样本进行匹配。测序数据显示,在13个基因中有周期性突变,这些基因包括一些被定义为骨髓瘤亚型的特定的细胞遗传学肿瘤中发现。

  很多可能有靶向治疗的基因的突变出现了下降,包括在RAS/MAP激酶途径的基因,经过检测的患者中,超过43%的人的肿瘤中具有这个突变,而这个基因是涉及NF-kB途径的。

  正如所料,疾病阶段,易位模式以及其他细胞遗传学特性等因素是与肿瘤患者总生存时间相关的。

  但是该团队也发现,突变恰好造成了更好或者更坏的结果。例如,有超过三分之一的患者的肿瘤中存在CCND1突变,而他们的两年生存期只有38%。相比之下,那些没有CCND1突变的患者,有超过80%的人存活超过了2年。

  相似的,ATM,ATR和TP53基因的改变看起来也会造成结果更加糟糕,会减少无进展期和总生存率。

  同时,ZNFHX4突变也恰巧减少了无进展生存时间,研究人员报道,而IRF4和EGR1的改变通常会更这些癌症患者带来一个更好地结果。

  将这种影响预后的突变与疾病阶段以及细胞遗传学资料一起,研究的作者开发了一个叫做ISS-Mut的阶段系统,其可以准确预测超过80%的病例的早期发展和超过90%总生存期减少的病例。

  “突变的检测可以提高我们检测高位患者的早期复发和死亡的能力,”他们写道,“这些患者很有可能会受益于特定的治疗干预措施。”


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