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出人意料的非编码RNA调控
发布时间:2015-06-04]  阅读次数:546次

来源:分析测试百科网

  为了将六英尺多的DNA塞进细胞核里,细胞将基因组紧紧缠绕在组蛋白核心上形成核小体,并最终将其包装成紧密的染色质。DNA转录的时候需要打开核小体,而胚胎干细胞的染色质重塑复合体esBAF可以做到这一点。它不仅会打开需要转录的DNA,还暴露了促进转录的启动子和增强子。

  基因组测序研究最近显示,增强子区域不仅能促进蛋白编码基因的转录,还包含有非编码RNA的脚本。虽然非编码RNA一直很火,但人们对其调控机制并不了解,华盛顿大学的Toshio Tsukiyama说。

  Tsukiyama曾经的学生Thomas Fazzio现在已经成为了麻省大学的助理教授。Fazzio希望了解增强子附近的核小体定位对非编码RNA有何影响,“如果BAF在打开增强子区域中起到重要作用”,那它应该能促进这些区域的非编码RNA转录。

  Fazzio等人敲低了小鼠胚胎干细胞的esBAF,然后测序对RNA进行测序。令人意外的是,大约57,000个基因组区域的非编码RNA以更高水平表达。不过这一现象并不存在于分化程度更高的小鼠胚胎成纤维细胞中。

  为了深入探索这一意外发现,研究人员用酶在无核小体的区域切割DNA,然后通过测序来确定核小体的位置。他们发现,esBAF敲除细胞的增强子区域被核小体覆盖,但两侧的核小体却很少。这说明esBAF会增加增强子两侧的核小体占位(nucleosome occupancy)。

  进一步研究表明,锁住增强子两侧的核小体,就算不存在esBAF非编码转录本也会受到抑制。“这项研究在哺乳动物细胞中展示,居然是核小体占位影响着非编码RNA的调控,这令人影响深刻,”Tsukiyama评论道。

  这项研究揭示了“染色质重塑复合体的复杂机制”,Stowers 医学研究所的Swaminathan Venkatesh指出。“人们一直认为这种复合体是激活转录的,但现在看来它们可以抑制非编码转录本。”

  目前还不清楚这种非编码转录本抑制对干细胞多能性有何意义。不过许多长非编码RNA与细胞分化有关,“可以想见,在胚胎干细胞中抑制它们是可以防止细胞分化的,”Venkatesh说。


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